Schätzungen über die Gesamtzahl der Pflanzenarten auf der Welt schwanken zwischen 400.000 - 600.000 Arten. Grundlage der Gliederung ist die äußere Gestalt (Morphologie) der Pflanzen. Die erste Einteilung in ein System wurde von Carl von Linné (Species Plantarum, 1753) vorgenommen. Linné legte den Blütenbau der Pflanzen dem entwickelten System zugrunde.
Noch andauernde Bemühungen haben die Aufstellung eines natürlichen Systems im Sinne eines phylogenetischen Stammbaumes zum Ziel. Dabei werden Merkmale und Erkenntnisse aus den Bereichen Morphologie, Anatomie, Embryologie, Cytologie, Genetik, Physiologie und Chemie mitberücksichtigt.
Die Gliederung der Pflanzenwelt erfolgt in Einheiten unterschiedlichen Ranges. Eine Einheit wird unabhängig von ihrem Rang als Taxon bezeichnet. Der "Internationale Code der botanischen Nomenklatur" gibt verbindliche Regeln für die Beschreibung und Benennung von Pflanzen-Taxa vor.
Carl von Linné führte die binäre Nomenklatur ein, bei der jede Art einen aus 2 lateinischen Wörtern gebildeten wissenschaftlichen Namen erhält: das erste bezeichnet die Gattung, das zweite charakterisiert die Art. Es folgt, meist abgekürzt, der Name des Autors, der die betreffende Art zuerst beschrieben hat. Jeder Name einer Art ist an ein Typusexemplar (Herbarexemplar) gebunden, das der Erstbeschreibung zugrunde liegt.
Taxon: Beispiel
Abteilung: Spermatophyta (Samenpflanzen)
Unterabteilung: Magnoliophytina = Angiospermae (Bedecktsamer)
Klasse: Magnoliopsida (Zweikeimblättrige)
Unterklasse: Magnoliidae (-)
Ordnung: Rosales (Rosenartige)
Familie: Rosaceae (Rosengewächse)
Unterfamilie: Maloideae (Apfelartige)
Gattung: Malus (Apfelbaum)
Art: Malus domestica (Kulturapfel)
Für die Gattung gilt jeweils eine bestimmte Art, für die Familie eine bestimmte Gattung als Typus.
Bei der Einteilung der Pflanzenwelt in Einheiten wie Familie, Gattung (genus), Arten etc. geht man davon aus, daß die Variation der Merkmale nicht kontinuierlich ist, sondern deutlich von einander abgrenzbar ist. Dieses Postulat ist in der realen Welt jedoch nur selten verwirklicht.
Die Grundeinheit der Systematik ist die Art. In ihr werden alle jene Individuen, einschließlich ihrer Vorfahren und Nachkommen, zusammengefaßt, die sich untereinander in allen wesentlichen, erblich konstanten Merkmalen gleichen und sich in diesen von anderen, nächstverwandten Arten unterscheiden.
In der Praxis pflegt man stark isolierte und morphologisch gut abgrenzbare Formenkreise (morphologisch ähnliche Gruppen von Populationen) als Arten aufzufassen. Die Grenzen zwischen den Arten werden meist von genetisch fixierten Sterilitätsbarrieren aufrecht erhalten. Diese verhindern oder erschweren den Genaustausch und konservieren dadurch die morphologischen, ökologischen und physiologischen Unterschiede. In manchen Fällen bleibt die Diskontinuität allein durch äußere Bedingungen wie geographische oder ökologische Isolierung erhalten (z. B. Standort, Blütezeitpunkt).
Die genetische Struktur der einzelnen Populationen ist das Ergebnis einer Anpassung an lokale Gegebenheiten durch Selektion oder durch zufällige Fixierung von Merkmalen.
Die phylogenetische Entwicklung der Arten ist ein dynamischer Prozeß. Um Variationen und Differenzierungsmuster beschreiben zu können, kann die Art in kleinere Einheiten unterteilt werden; dazu dienen die Taxa Unterart (subspecies = ssp.), Kleinart, Varietät, Form und Rasse.
Kleinarten werden oft zu größeren Einheiten (Sammelarten oder Aggregaten = agg.) zusammengefaßt. Ein Beispiel für eine Sammelart ist Thymus serpyllum L., der äußerst formenreich ist und viele Hybride ausbildet.